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gmx morph构象间的线性内插gmx morph [-f1 [<.gro/.g96/...>]] [-f2 [<.gro/.g96/...>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]] [-or [<.xvg>]] [-n [<.ndx>]] [-nice ] [-[no]w] [-xvg ] [-ninterm ] [-first ] [-last ] [-[no]fit] gmx morph对构象进行线性内插以产生中间体构象. 当然这些构象完全是不现实的, 但你可以试着进行证明. 程序的输出形式是通用的轨迹. 中间体的数目由-ninterm选项进行控制. -first和-last选项用于控制插值方式: 0对应于输入结构1, 1对应于输入结构2. 如果指定的-first < 0或-last > 1, 会根据输入结构x_1到x_2的途径进行外推. 一般来说, 对总共N个中间体, 中间体i的坐标x(i)为: x(i) = x_1 + (first+(i/(N-1))*(last-first))*(x_2-x_1) 最后, 如果指定了-or选项, 可以计算相对于两个输入结构的RMSD. 在这种情况下, 可能需要读取索引文件, 用于选择计算RMS的组.
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