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gmx msd计算均方位移gmx msd [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]] [-mol [<.xvg>]] [-pdb [<.pdb>]] [-nice ] [-b ] [-e ] [-tu ] [-[no]w] [-xvg ] [-type ] [-lateral ] [-[no]ten] [-ngroup ] [-[no]mw] [-[no]rmcomm] [-tpdb ] [-trestart ] [-beginfit ] [-endfit ] gmx msd根据一系列初始位置来计算原子的均方位移(MSD, mean square displacement). 这提供了一个利用爱因斯坦关系式计算扩散常数的简易方法. 计算MSD时, 参考点之间的时间可利用-trestart选项设置. 将从-beginfit到-endfit之间的MSD(t)使用最小二乘法拟合为直线(D*t+c), 就可以得到扩散常数(注意, t为到参考点的时间, 而不是模拟时间). 程序会给出扩散常数误差的估计值, 计算时将拟合区间分为两部分, 分别拟合得到扩散系数, 这两个扩散系数的插值就是误差的估计值. 有三个相互排斥的选项来确定不同类型的均方位移: -type, -lateral和-ten. 选项-ten对每组输出完整的MSD张量, 输出的顺序是: trace xx yy zz yx zx zy. 如果设置了-mol选项, gmx msd计算单个分子的MSD(会保持跨过周期性边界的分子完整): 对每一单个分子, 会计算其质心的扩散常数. 所选的索引组会被划分为分子. 默认计算MSD的方法是使用质量加权平均, 可使用-nomw取消. 使用-rmcomm选项, 可以移除指定组的质心运行. 对于GROMACS输出的轨迹, 通常不需要此选项, 因为gmx mdrun通常已经移除了质心运动. 当你使用此选项时, 请确保轨迹文件中保存了整个体系. 扩散系数由MSD的线性回归确定, 不同于D正常的输出, 时间是根据参考点的数目进行加权的, 即, 短的时间权重较高. 此外, 当-beginfit=-1时, 拟合从10%处开始, 当-endfit=-1时, 拟合结束于90%处. 使用此选项也可以得到精确的误差估计, 它基于单个分子之间的统计. 注意, 只有当MSD在-beginfit到-endfit之间完全呈线性时, 所得的扩散常数和误差估计才准确. 使用-pdb选项可输出一个.pdb文件, 其中包含-tpdb时刻体系的坐标, B因子的值为分子扩散系数的平方根. 此选项暗含-mol选项.
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