gmx principal [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-a1 [<.xvg>]] [-a2 [<.xvg>]] [-a3 [<.xvg>]] [-om [<.xvg>]]
[-nice ] [-b ] [-e ] [-dt ] [-tu ]
[-[no]w] [-xvg ] [-[no]foo]
gmx principal用于计算一组原子的三个惯性主轴. 注意, 老版本的GROMACS以一种奇怪的转置方式输出数据. 对GROMACS-5.0, 输出文件paxis1.dat中包含了每一帧第一(主)轴的x/y/z分量, 同样, paxis2.dat中包含中间轴的x/y/z分量, paxis3.dat中包含最小轴的x/y/z分量.
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 结构+质量(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入, 可选 | 索引file |
-a1 [<.xvg>] | paxis1.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-a2 [<.xvg>] | paxis2.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-a3 [<.xvg>] | paxis3.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-om [<.xvg>] | moi.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice <int> | 19 | 设置优先级 |
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-tu <enum> | ps | 时间单位: fs, ps, ns, us, ms, s |
-[no]w | no | 查看输出的.xvg, .xpm, .eps和.pdb文件 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-[no]foo | no | 用于避免空数组的哑选项 |
