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gmx rama计算Ramachandran拉式构象图gmx rama [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-o [<.xvg>]] [-nice ] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[no]w] [-xvg ] gmx rama可以从你的拓扑文件中选择出φ/ψ(α-碳与酰胺平面交角)二面角的组合, 并且计算它们随时间变化的函数. 使用简单的Unix工具如grep你就可以选出特定残基的数据.
补充说明 拉氏图(Ramachandran图)是通过统计蛋白质结构残基的φ/ψ二面角绘制的, 集中分布在几个角度范围内的区域. 物质都具有自发朝能量最低方向变化的特点, 自然界的蛋白也是, 所以拉氏标准分布图中, 统计分布密集的区域, 对应于蛋白能量低, 稳定的构象, 在这些区域中, 残基侧链彼此间斥力小. 模拟得到的结果如果绝大多数落在这些范围中, 也可以说明具有这样的特征. 但分布另一方面也和残基类型有关, 侧链越小所受的斥力制约越小, 在拉氏图中分布范围越广. 一些可视化软件可以直接给出拉氏图. 在VMD中, 使用VMD Main->Extensions->Analysis->Ramachandran Plot即可得到类似下面的拉氏图.
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