gmx rms计算与参考结构之间的RMSD及其矩阵

gmx rms [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]

[-f2 [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]] [-mir [<.xvg>]]

[-a [<.xvg>]] [-dist [<.xvg>]] [-m [<.xpm>]] [-bin [<.dat>]]

[-bm [<.xpm>]] [-nice ] [-b ] [-e ] [-dt ]

[-tu ] [-[no]w] [-xvg ] [-what ] [-[no]pbc]

[-fit ] [-prev ] [-[no]split] [-skip ] [-skip2 ]

[-max ] [-min ] [-bmax ] [-bmin ] [-[no]mw]

[-nlevels ] [-ng ]

gmx rms通过计算均方根偏差(RMSD, root mean square deviation), 尺寸无关的ρ相似性参数(rho)或标度ρ参数(rhosc)来比较两个结构. 请参考Maiorov & Crippen, Proteins 22, 273 (1995). 可利用-what选项来选择计算那个参数.

程序会将轨迹(-f)中的每个结构与参考结构进行比较. 参考结构取自结构文件(-s).

使用-mir选项, 还会与参考结构的镜像进行比较. 这可以作为一个很有用的参考’显著’值. 详见Maiorov & Crippen, Proteins 22, 273 (1995).

选项-prev会对当前帧的结构与前面指定帧中的结构进行比较.

选项-m将生成一个.xpm格式的矩阵, 其值为轨迹中所有结构彼此之间的比较值. 这个矩阵文件可以使用如xv之类的程序进查看, 也可以使用gmx xpm2ps将其转换为postscript格式.

选项-fit控制结构彼此之间的最小二乘叠合: 完全叠合(旋转和平移), 仅平移, 或不叠合.

选项-mw控制是否使用质量加权. 如果你选择了这个选项(默认), 并提供一个有效的.tpr文件, 程序会读取.tpr文件中的质量, 否则将会从GMXLIB目录下的atommass.dat文件中获取质量. 对于蛋白质这还可以, 但对于别的分子来说就未必了. 对未知的原子, 会分配默认的质量12.011 amu(碳原子). 你可以通过打开-debug选项并检查log文件来判断是否这样.

使用-f2选项, 程序会从第二个轨迹文件中读取’其他结构’, 并生成两个轨迹之间的比较矩阵.

选项-bin会对比较矩阵进行二进制转储.

选项-bm会产生平均键角偏差的矩阵, 类似-m选项. 比较时只会考虑比较组中原子之间的键.