gmx rmsf计算原子涨落

gmx rmsf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]

[-q [<.pdb>]] [-oq [<.pdb>]] [-ox [<.pdb>]] [-o [<.xvg>]]

[-od [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [-dir [<.log>]] [-nice ]

[-b ] [-e ] [-dt ] [-[no]w] [-xvg ]

[-[no]res] [-[no]aniso] [-[no]fit]

gmx rmsf计算轨迹(使用-f提供)中原子位置的根均方涨落(RMSF, root mean square fluctuation, 即标准偏差), 计算前可以先将构型与参考帧(使用-s提供)的构型进行叠合(并非必须).

使用选项-oq时会将RMSF值转换为B因子值, 并将其与坐标一起写入.pdb文件中, 其中坐标来自结构文件, 或是由-q指定的.pdb文件. 选项-ox会将B因子与平均坐标写入文件中.

使用选项-od时会计算相对于参考结构的根均方偏差.

使用选项-aniso时, gmx rmsf将会计算各项异性温度因子, 还会输出平均坐标和含有ANISOU记录的.pdb文件(对应于-oq或-ox选项). 注意, U值与取向有关, 因此在与实验数据对比之前请确认已经与实验坐标进行了叠合.

当传递给程序一个.pdb文件, 并且设置了-aniso选项时, 如果.pdb文件中含有任何各向异性温度因子, 将会创建Uij的相关图.

使用选项-dir时会对平均MSF(3x3)矩阵进行对角化. 这可用于显示原子在哪个方向上涨落最大, 哪个方向上涨落最小.

输入/输出文件选项
选项	默认值	类型	说明
-f [<.xtc/.trr/...>]	traj.xtc	输入	轨迹文件: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.tpb/...>]	topol.tpr	输入	结构+质量(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>]	index.ndx	输入, 可选	索引文件
-q [<.pdb>]	eiwit.pdb	输入, 可选	蛋白质数据信息文件
-oq [<.pdb>] (bfac.pdb)	bfac.pdb	输出, 可选	蛋白质数据信息文件
-ox [<.pdb>]	xaver.pdb	输出, 可选	蛋白质数据信息文件
-o [<.xvg>]	rmsf.xvg	输出	xvgr/xmgr 文件
-od [<.xvg>]	rmsdev.xvg	输出, 可选	xvgr/xmgr文件
-oc [<.xvg>]	correl.xvg	输出, 可选	xvgr/xmgr文件
-dir [<.log>]	rmsf.log	输出, 可选	Log文件

控制选项
选项	默认值	说明
-nice <int>	19	设置优先级
-b <time>	0	从轨迹文件中读取的第一帧(ps)
-e <time>	0	从轨迹文件中读取的最后一帧(ps)
-dt <time>	0	只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔
-[no]w	no	查看输出文件 .xvg, .xpm, .eps和.pdb
-xvg <enum>	xmgrace	xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none
-[no]res	no	计算每个残基的均值
-[no]aniso	no	计算各向异性温度因子
-[no]fit	yes	计算RMSF之前进行最小二乘叠合. 如果不使用这个选项, 你必须确保参考结构与轨迹匹配.

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