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gmx rotmat计算叠合到参考结构的旋转矩阵gmx rotmat [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]] [-nice ] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[no]w] [-xvg ] [-ref ] [-skip ] [-[no]fitxy] [-[no]mw] gmx rotmat用于输出将一个构象最小二乘叠合到参考构象所需要的旋转矩阵, 参考构象由-s选项提供. 叠合前会移除平动自由度. 输出为三个向量, 给出了 参考构象x, y和z方向的新的方向, 例如, (zx,zy,zz)为轨迹帧中参考z轴的取向. 此工具对于某些情况可能有用, 例如, 确定界面处分子的取向, 可能在轨迹中, 由gmx trjconv -fit rotxy+transxy移除在x-y平面内的旋转. -ref选项可用于确定叠合的参考结构, 而不是使用来自-s的结构. 程序会使用到所有其他结构的RMSD总和最小的结构作为参考结构. 由于此过程的计算代价与帧数的平方根成正比, 使用-skip选项可能有帮助. 程序可以进行完全叠合或只进行x-y平面内的叠合. 使用选项-fitxy时, 在确定旋转矩阵前会先在x-y平面进行叠合.
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