gmx select打印选区的通用信息

gmx select [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]

   [-os [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [-oi [<.dat>]] [-on [<.ndx>]]

   [-om [<.xvg>]] [-of [<.xvg>]] [-ofpdb [<.pdb>]] [-olt [<.xvg>]]

   [-b ] [-e ] [-dt ] [-tu ] [-xvg ]

   [-[no]rmpbc] [-[no]pbc] [-sf ] [-selrpos ]

   [-select ] [-[no]norm] [-[no]cfnorm] [-resnr ]

   [-pdbatoms ] [-[no]cumlt]

gmx select输出与动态选区相关的基本数据. 它可以用于一些简单分析, 它的输出也可以与其他程序和/或外部分析程序的输出组合起来, 用以计算更复杂的数据. 输出选项可以任意组合, 但需要注意-om仅对第一个选区进行操作. 还需要注意, 如果没有提供输出选项, 则不会有任何输出.

使用-os时, 会逐帧计算每个选区中的位置(position)数目. 使用-norm时, 输出值会介于0和1之间, 代表相对于最大位置数的比例(例如, 对于选区resname RA and x < 5, 最大位置数就是RA残基内的原子数). 使用-cfnorm时, (-os的)输出值则会除以选区覆盖(全局位置数的)比例. -norm和-cfnorm可以互相独立地指定.

使用-oc时, 以时间函数的形式输出每个选区的覆盖比例.

使用-oi时, 以时间函数的形式输出选中的原子/残基/分子. 输出中, 第一列是帧时间, 第二列是位置数, 后续列是原子/残基/分子编号. 如果指定的选区数大于1, 则第二组的位置数紧邻第一组的最后一个数字输出, 并以此类推.

使用-on时, 会将选中的原子输出为索引文件, 此文件与make_ndx和分析工具兼容. 每个选区会输出为一个选区组, 对于动态选区, 每帧都会输出一个组.

要得到残基编号, 可以使用-resnr控制-oi的输出: number(默认)会按照残基在输入文件中的编号输出, 而index则会按残基在输入文件中出现的顺序, 从1开始, 赋予残基唯一的编号并输出. 前者更加直观, 但如果输入中含有多个同一编号的残基, 得到的输出就没那么有用了.

使用-om时, 以时间函数的形式, 针对第一选区输出一套掩码(mask). 输出中的每一行对应一帧, 为每一个可能被选中的原子/残基/分子赋予0或1的值. 1表示该原子/残基/分子在当前帧中被选中, 0表示未选中.

使用-of时, 输出每个位置的占据比例(即该位置被选中的帧所占的比例).

使用-ofpdb时, 输出一个PDB文件, 其中占有率列的值是选区中每个原子的占据分数. PDB文件中的坐标则是输入拓扑中的值. -pdbatoms可以用来控制哪些原子会出现在输出的PDB文件中: 使用all时, 所有原子都会出现; 使用maxsel时, 所有可能被选区选中的原子都会出现; 使用selected时, 只有在至少一帧中被选中的原子才会出现.

使用-olt时, 生成一个直方图, 显示了被选中位置数与某位置持续被选中时间的函数关系. -cumlt可以用来控制是否在直方图中包含较长间隔的子间隔.

-om, -of和-olt只有在处理动态选区时才有意义.