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gmx spol分析溶质周围溶剂的偶极取向及极化gmx spol [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]] [-nice ] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[no]w] [-xvg ] [-[no]com] [-refat ] [-rmin ] [-rmax ] [-dip ] [-bw ] gmx spol程序用于分析溶质分子周围的偶极, 特别适用于极化水模型. 计算时需要一组参考原子或参考质心(-com选项), 还有一组溶剂原子, 程序会先将溶剂原子组划分为分子, 然后确定每一溶剂分子到参考组原子或其质心的最近距离, 并给出这些距离的累积分布. 对处于-rmin和-rmax之间的每一距离, 确定距离向量与溶剂分子偶极的內积. 对带有净电荷的溶剂分子(离子), 会均匀地将净电荷从每一所选离子的所有原子中会减去. 输出这些偶极分量的平均值. 对极化的处理类似, 并从瞬时偶极中减去平均偶极. 平均偶极的大小由-dip选项指定, 方向由从所选溶剂组的第一个原子到第二和第三个原子连线中点的向量确定.
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