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圆柱cylinder.inp时间：2025-04-25 tolerance 2.0#表示原子间的距离不能小于2.0A add_box_sides 1.2 #表示给盒子的方向增加1.2A，目的是为了避免边界的原子和镜像盒子里的原子间存在不合理接触 output cylinder.pdb #表示输出cylinder的文件 structure h2o.pdb #表示输入结构h2o number 10000 #表示输入结构的个数为10000个 inside cylinder 0. 0. 0. 30. 30. 30. 20. 40. #圆柱的定义是从(0 0 0)往(30 30 30)方向伸展40长度，半径为20 end structure #完成此次结构输入
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