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gmx analyze分析数据集gmx analyze [-f [<.xvg>]] [-ac [<.xvg>]] [-msd [<.xvg>]] [-cc [<.xvg>]] [-dist [<.xvg>]] [-av [<.xvg>]] [-ee [<.xvg>]] [-bal [<.xvg>]] [-g [<.log>]] [-nice ] [-[no]w] [-xvg ] [-[no]time] [-b ] [-e ] [-n ] [-[no]d] [-bw ] [-errbar ] [-[no]integrate] [-aver_start ] [-[no]xydy] [-[no]regression] [-[no]luzar] [-temp ] [-fitstart ] [-fitend ] [-smooth ] [-filter ] [-[no]power] [-[no]subav] [-[no]oneacf] [-acflen ] [-[no]normalize] [-P ] [-fitfn ] [-beginfit ] [-endfit ] gmx analyze 可以读取一个 ASCII 文本文件并分析其中的数据集。输入文件中每行的第一个数据可以是时间（见 -time 选项），后面跟着任意数目的 y 值。程序也可以读入多个数据集，它们之间以 & 符号（-n 选项）隔开；在这种情况下，对每一行，程序只会读入一个 y 值。程序会忽略所有以 # 和 @ 开头的行。所有的分析都可以用于数据集的导数（-d 选项）。除 -av 和 -power 外，所有选项都假定数据点之间的时间间隔是相等的。 gmx analyze 总会显示每一数据集的平均值和标准差，以及第三累积量和第四累积量的相对偏差，后二者都是相对于具有相同标准差的高斯分布计算的。选项 -ac 计算自相关函数。请确保数据点之间的时间间隔远小于自相关的时间尺度选项 -cc 给出数据集 i 与周期为 i/2 的余弦之间的相似性。计算公式为： 2 (integral from 0 to T of y(t) cos(i pi t) dt)^2 / integral from 0 to T of y^2(t) dt 这可用于由协方差分析得到的主成分，因为随机扩散的主要成分是单纯的余弦。 选项 -msd 计算均方位移。 选项 -dist 计算分布图。 选项 -av 计算数据集的平均值。可以使用 -errbar 选项得到平均值的误差限。误差限可以表示标准偏差，误差（假设各数据点是独立的），或是通过弃去顶部和底部 5% 的点而包含 90% 数据点的区间。 选项 -ee 使用块平均估计误差。数据集被划分为多块，并计算每块的平均值。总平均值的误差根据 m 个块平均值 B_i 之间的方差进行计算：error^2 = sum (B_i - <B>)^2 / (m*(m-1))。程序会给出误差与块大小的函数关系。假定自相关是两个指数函数之和，程序还会给出解析的块平均值曲线。块平均值的解析曲线为： f(t) = sigma * sqrt(2/T ( alpha (tau_1 ((exp(-t/tau_1) - 1) tau_1/t + 1)) +(1-alpha) (tau_2 ((exp(-t/tau_2) - 1) tau_2/t + 1)))), 其中 T 为总时间。alpha，tau_1 和 tau_2 通过将 error^2 拟合为 f^2(t) 得到。如果实际的块平均值非 常接近解析曲线，误差为 sigma * sqrt(2/T (a tau_1 + (1-a) tau_2))。完整推导见 B. Hess, J. Chem.Phys. 116:209-217, 2002。 选项 -filter 给出每个数据集和所有数据集相对于滤波平均值的 RMS 高频波动。滤波器正比于 cos(pit/len)，其中 t 从-len/2 到 len/2。len 由 -filter 选项指定。此滤波器可以将周期为 len/2 和 len 的振荡分别降低为原来的 79% 和 33%。选项 -g 使用 -fitfn 选项给出的函数对数据进行拟合。选项 -power 使用 b t^a 对数据进行拟合，这是通过在双对数标度下进行 a t + b 线性拟合实现的。拟合时，会忽略第一个零之后或负值之后的所有点。选项 -luzar 对gmx hbond↪113 的输出进行 Luzar-Chandler 动力学分析。输入文件可以直接来自 gmx hbond -ac，并应该得到与其相同的结果。 选项 -fitfn 可用于拟合不同类型的曲线，这些曲线具有分子动力学背景，主要是指数曲线。更多信息见手册。为检查拟合过程的输出，可使用 -fitted 选项将原始数据和拟合函数输出到新的数据文件中。拟合参数存放在输出文件的注释中。
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