gmx anadock [-f [<.pdb>]] [-od [<.xvg>]] [-of [<.xvg>]] [-g [<.log>]] [-nice ] [-xvg ] [-[no]free] [-[no]rms] [-cutoff ]
gmx anadock基于距离或RMSD对分子对接(docking)软件Autodock的计算结果进行分析, 并将结构划分成团簇. 程序会分析对接能和自由能, 并打印每个团簇的能量统计情况.
另一个可采用的方法是先使用gmx cluster将结构划分为团簇, 然后按照最低能量或最低平均能量对这些团簇进行排序.
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-f [<.pdb>] | eiwit.pdb | 输入 | 蛋白质数据库文件 |
-od [<.xvg>] | edocked.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件, 能量 |
-of [<.xvg>] | efree.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件, 自由能 |
-g [<.log>] | anadock.log | 输出 | 日志文件 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice <int> | 0 | 设置优先级 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-[no]free | no | 使用autodock估算的自由能对结构进行分类 |
-[no]rms | yes | 根据RMS或距离进行团簇化 |
-cutoff <real> | 0.2 | 属于相同团簇的最大RMSD或距离值. 偏离大于此值时认为属于不同团簇 |
2020版本已删除
