gmx bundle [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ol [<.xvg>]] [-od [<.xvg>]] [-oz [<.xvg>]] [-ot [<.xvg>]]
[-otr [<.xvg>]] [-otl [<.xvg>]] [-ok [<.xvg>]] [-okr [<.xvg>]]
[-okl [<.xvg>]] [-oa [<.pdb>]] [-nice ] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-tu ] [-xvg ] [-na ]
[-[no]z]
gmx bundle用于分析轴束, 例如螺旋轴. 程序读入两个索引组, 把它们分成-na个部分. 不同部分的质心确定轴的顶部和底部. 以下几个量会写入输出文件中: 轴的长度, 轴中点相对于所有轴的平均中点的距离和Z方向的偏移量, 轴相对于平均轴的总倾斜, 径向倾斜, 侧向倾斜.
使用选项-ok, -okr和-okl可输出轴的总扭结, 径向扭结和侧向扭结. 这种情况下还需要定义扭结原子的索引组, 它也会被分为-na个部分. 扭结角定义为扭结顶部和扭结底部矢量间的夹角.
使用选项-oa时, 每帧中每个轴的顶点, 中点(或扭结, 若指定了-ok), 最低点会写入一个.pdb文件, 残基编号对应于轴的编号. 当使用Rasmol查看这个文件时, 指定命令行选项-nmrpdb, 并输入set axis true来显示参考轴.
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 结构+质量(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入, 可选 | 索引文件 |
-ol [<.xvg>] | bun_len.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-od [<.xvg>] | bun_dist.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-oz [<.xvg>] | bun_z.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-ot [<.xvg>] | bun_tilt.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-otr [<.xvg>] | bun_tiltr.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-otl [<.xvg>] | bun_tiltl.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-ok [<.xvg>] | bun_kink.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-okr [<.xvg>] | bun_kinkr.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-okl [<.xvg>] | bun_kinkl.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-oa [<.pdb>] | axes.pdb | 输出, 可选 | PDB文件 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice <int> | 19 | 设置优先级 |
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-tu <enum> | ps | 时间单位: fs, ps, ns, us, ms, s |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-na <int> | 0 | 轴的数目 |
-[no]z | no | 使用z坐标轴取代平均轴作为参考轴 |
