gmx check检查并比较文件

gmx check [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-f2 [<.xtc/.trr/...>]]

  [-s1 [<.tpr/.tpb/...>]] [-s2 [<.tpr/.tpb/...>]]

  [-c [<.tpr/.tpb/...>]] [-e [<.edr>]] [-e2 [<.edr>]] [-n [<.ndx>]]

  [-m [<.tex>]] [-nice ] [-vdwfac ] [-bonlo ]

  [-bonhi ] [-[no]rmsd] [-tol ] [-abstol ]

  [-[no]ab] [-lastener ]

gmx check读取一个轨迹文件(.trj, .trr或.xtc), 一个能量文件(.ene或.edr), 或一个索引文件(.ndx), 并输出与其相关的有用信息.

如果指定了-c选项, 程序就会检查文件中是否包含了坐标, 速度和盒子大小. 如果存在坐标, 程序进而会检查原子是不是有近距离的接触(距离小于-vdwfac, 而且没有键相连, 即距离不在-bonlo和-bonhi之间. 注意这几个选项指定的都是与两个原子范德华半径之和的比例). 程序还会检查处于盒子外面的原子(这是经常发生的事情, 并不是什么问题). 如果文件中含有速度, 程序就会根据温度估算出温度.

如果指定了一个索引文件, 程序会对索引文件中的所有索引进行处理, 并给出一个总结.

如果同时给定了轨迹文件和.tpr文件(使用-s1选项), 程序就会检查.tpr文件中定义的键长在轨迹中是否正确. 如果不正确, 那么轨迹文件和.tpr文件可能不匹配, 原因可能出于原子重组或虚拟位点的问题. 所以, 通过这些选项, 你可以快速检查这些问题.

当同时指定-s1和-s2时, 程序还可以对比两个输入文件(.tpr, .tpb或.tpa). 类似的, 程序也可以对比两个轨迹文件(使用-f2选项), 或对比两个能量文件(使用-e2选项).

对于自由能计算, 来自同一运行输入文件A和B两种状态的拓扑, 可以通过-s1和-ab选项进行比较.

指定了-m选项后, 程序会输出一个LaTeX文件, 其中包含了可用于论文方法部分的粗略提纲.