gmx chi计算chi和其他二面角的所有信息

gmx chi [-s [<.gro/.g96/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-o [<.xvg>]]

[-p [<.pdb>]] [-ss [<.dat>]] [-jc [<.xvg>]] [-corr [<.xvg>]]

[-g [<.log>]] [-ot [<.xvg>]] [-oh [<.xvg>]] [-rt [<.xvg>]]

[-cp [<.xvg>]] [-nice ] [-b ] [-e ] [-dt ]

[-[no]w] [-xvg ] [-r0 ] [-[no]phi] [-[no]psi] [-[no]omega]

[-[no]rama] [-[no]viol] [-[no]periodic] [-[no]all] [-[no]rad]

[-[no]shift] [-binwidth ] [-core_rotamer ]

[-maxchi ] [-[no]normhisto] [-[no]ramomega] [-bfact ]

[-[no]chi_prod] [-[no]HChi] [-bmax ] [-acflen ]

[-[no]normalize] [-P ] [-fitfn ] [-beginfit ]

[-endfit ]

gmx chi用于计算所有氨基酸骨架和侧链的φ, ψ, ω以及χ二面角. 它也可以计算二面角与时间的函数关系, 以及二面角的直方图分布. 分布(histo-(dihedral) (RESIDUE).xvg)会对每一类型的所有残基进行累计.

如果使用-corr选项, 程序会计算二面角的自相关函数 C(t) = <cos(χ(τ)) cos(χ(τ+t))>. 之所以使用余弦而不是角度自身, 是为了解决周期性的问题(Van der Spoel & Berendsen (1997), Biophys. J. 72, 2032-2041). 程序会将每个残基的每个二面角输出到单独的文件(corr(dihedral) (RESIDUE) (nresnr).xvg)中, 同时还会输出一个包含所有残基信息的文件(-corr选项).

使用-all选项, 程序会将每个残基的角度与时间的函数关系输出到独立的文件(dihedral) (RESIDUE) (nresnr).xvg中. 所用的单位可以是弧度或度.

程序还会输出一个日志文件(-g选项), 其中包含:

(a) 每种类型残基的数目信息.

(b) 由Karplus方程得到的NMR 3J 偶合常数.

(d) 一个表格, 其中包含每个残基旋转异构体的占据率.

所有的旋转异构体的多重度都视为3, 除平面基团的ω和χ二面角(如芳香化合物, Asp和Asn的χ_2; Glu和Gln的χ_3; 以及Arg的χ_4)外, 它们的多重度为2. “rotamer 0”表示二面角不处于每个旋转异构体的核心区域. 核心区域的宽度可使用-core_rotamer设置.

S^2序参数也会输出到一个.xvg文件(由-o选项指定), 作为可选项, 可将S^2的值作为B因子输出到一个.pdb文件中(由-p选项指定). 每个时间步旋转异构体转变的总数(-ot选项), 每个旋转异构体的转变数(-rt选项)和3J 偶合(-jc选项)也可以写入到.xvg文件中. 注意, 在分析旋转异构体转变时, 假定所提供的轨迹帧之间的时间间隔是相等的.

如果设置了-chi_prod选项(并且-maxchi > 0), 会计算累积旋转异构体, 如1+9(χ_1-1)3(χ_2-1)+(χ_3-1)(如果残基具有三个3重二面角, 并且-maxchi >= 3). 如前所述, 任何二面角如果不处于核心区域内, 旋转异构体取为0. 这些累积旋转异构体的占据率(由旋转异构体0开始)会写入由-cp选项指定的文件中, 如果使用-all选项, 旋转异构体作为时间的函数会写入chiproduct (RESIDUE) (nresnr).xvg文件中, 其占据率会写入histo-chiproduct (RESIDUE) (nresnr).xvg文件.

选项-r可生成作为φ和ψ角函数的平均ω角的等值线图, 也就是使用颜色编码的平均ω角的Ramachandran图.

输入/输出文件选项
选项	默认值	类型	说明
-s [<.gro/.g96/...>]	conf.gro	输入	结构文件: gro g96 pdb brk ent esp tpr tpb tpa
-f [<.xtc/.trr/...>]	traj.xtc	输入	轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng
-o [<.xvg>]	order.xvg	输出	xvgr/xmgr文件
-p [<.pdb>]	order.pdb	输出, 可选	PDB文件
-ss [<.dat>]	ssdump.dat	输入, 可选	通用数据文件
-jc [<.xvg>]	Jcoupling.xvg	输出	xvgr/xmgr文件

输入/输出文件选项
选项	默认值	类型	说明
-corr [<.xvg>]	dihcorr.xvg	输出, 可选	xvgr/xmgr文件
-g [<.log>]	chi.log	输出	日志文件
-ot [<.xvg>]	dihtrans.xvg	输出, 可选	xvgr/xmgr文件
-oh [<.xvg>]	trhisto.xvg	输出, 可选	xvgr/xmgr文件
-rt [<.xvg>]	restrans.xvg	输出, 可选	xvgr/xmgr文件
-cp [<.xvg>]	chiprodhisto.xvg	输出, 可选	xvgr/xmgr文件

控制选项
选项	默认值	说明
-nice <int>	19	设置优先级
-b <time>	0	从轨迹读取的第一帧(ps)
-e <time>	0	从轨迹读取最后一帧(ps)
-dt <time>	0	只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔
-[no]w	no	查看输出的.xvg, .xpm, .eps和.pdb文件
-xvg <enum>	xmgrace	xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none
-r0 <int>	1	起始残基
-[no]phi	no	输出φ二面角

控制选项
选项	默认值	说明
-[no]psi	no	输出ψ二面角
-[no]omega	no	输出ω二面角(肽键)
-[no]rama	no	生成φ/ψ和χ_1/χ_2的Ramachandran图
-[no]viol	no	输出一个文件, 对违背Ramachandran规则的角使用0或1
-[no]periodic	yes	输出二面角与360度的模
-[no]all	no	对每个二面角使用独立的输出文件
-[no]rad	no	在角度与时间关系的文件中, 使用弧度而不是角度
-[no]shift	no	根据φ/ψ角度计算化学位移

控制选项
选项	默认值	说明
-binwidth <int>	1	直方图的分格宽度(单位: 度)
-core_rotamer <real>	0.5	只输出中心-core_rotamer*(360/multiplicity)属于每个旋转异构体的值(其余的赋给rotamer 0)
-maxchi <enum>	0	计算前几个χ二面角: 0, 1, 2, 3, 4, 5, 6
-[no]normhisto	yes	直方图归一化
-[no]ramomega	no	计算omega角度的平均值与φ/ψ的函数关系, 并输出到.xpm文件
-bfact <real>	-1	对没有计算二面角序参数的原子, .pdb文件中的B因子值
-[no]chi_prod	no	计算每个残基的单个累积旋转异构体
-[no]HChi	no	包含到支链氢原子的二面角

控制选项
选项	默认值	说明
-bmax <real>	0	对统计时所考虑的二面角, 组成二面角的任何原子的最大B因子.当进行射线结构分析X时作为基础数据. -bmax <= 0意味着没有限制.
-acflen <int>	-1	ACF的长度, 默认为帧数的一半.
-[no]normalize	yes	归一化ACF
-P <enum>	0	ACF Legendre多项式的阶数(0表示不使用): 0, 1, 2, 3
-fitfn <enum>	none	拟合函数: none, exp, aexp, exp_exp, vac, exp5, exp7, exp9, erffit
-beginfit <real>	0	对相关函数进行指数拟合的起始时间
-endfit <real>	-1	对相关函数进行指数拟合的终止时间, -1表示直到最终
-bmax <real>	0	对统计时所考虑的二面角, 组成二面角的任何原子的最大B因子.当进行射线结构分析X时作为基础数据. -bmax <= 0意味着没有限制.

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