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gmx confrms叠合两个结构并计算RMSDgmx confrms [-f1 [<.tpr/.tpb/...>]] [-f2 [<.gro/.g96/...>]] [-o [<.gro/.g96/...>]] [-n1 [<.ndx>]] [-n2 [<.ndx>]] [-no [<.ndx>]] [-nice ] [-[no]w] [-[no]one] [-[no]mw] [-[no]pbc] [-[no]fit] [-[no]name] [-[no]label] [-[no]bfac] gmx confrms首先将第二个结构最小二乘叠合到第一个结构, 然后再计算两个结构的均方根偏差(RMSD, root mean square deviation). 两个结构的原子数 不必 相同, 只要用于叠合的两个索引组一样即可. 使用-name选项时, 只对所选组中名称匹配的原子进行叠合和RMSD计算. 当比较蛋白质的突变体时这个功能很有用. 叠合的结构会写入一个文件中. 在这个.pdb文件中, 两个结构会当作独立的模型(使用rasmol –nmrpdb). 使用-bfac选项时, 根据原子的MSD值计算的B因子也会写入这个.pdb文件中.
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