gmx convert-tpr生成修改的运行输出文件

gmx convert-tpr [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-f [<.trr/.cpt/...>]] [-e [<.edr>]]

[-n [<.ndx>]] [-o [<.tpr/.tpb/...>]] [-nice ]

[-extend ] [-until ] [-nsteps ] [-time ]

[-[no]zeroq] [-[no]vel] [-[no]cont] [-init_fep_state ]

gmx convert-tpr可以四种方式来编辑运行输入文件:

修改运行输入文件中的模拟步数, 可使用选项-extend, -until或-nsteps(nsteps=-1表示步数不受限制).

(已废弃) 因磁盘已满等原因而导致模拟崩溃时, 产生一个运行输入文件以继续模拟, 或创建一个继续的运行输入文件. 此选项已废弃, 因为mdrun现在可以读写检查点文件. 注意, 运行需要带有坐标和速率的帧. 当使用压力和/或Nose-Hoover温度耦合时, 还需要提供能量文件以得到原始运行的精确继续.

对原始tpx文件一部分创建一个.tpx文件. 当你想从.tpx文件中移除溶剂, 或想产生一个例如只包含C~α~的.tpx文件时, 此功能很有用. 需要注意的是, 你可能需要使用-nsteps -1(或类似的选项). 警告: 此.tpx文件功能不全.将指定组的电荷设置为零. 当使用LIE(Linear Interaction Energy, 线性相互作用能)方法估算自由能时, 此功能很有用.