gmx covar [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]] [-av [<.gro/.g96/...>]]
[-l [<.log>]] [-ascii [<.dat>]] [-xpm [<.xpm>]] [-xpma [<.xpm>]]
[-nice ] [-b ] [-e ] [-dt ] [-tu ]
[-xvg ] [-[no]fit] [-[no]ref] [-[no]mwa] [-last ]
[-[no]pbc]
gmx covar用于计算并对角化(质量加权的)协方差矩阵. 所有结构都叠合到结构文件中的结构. 当结构文件不是运行输入文件时, 将不考虑周期性. 如果叠合组与分析组相同, 分析时不使用质量加权, 叠合也不使用质量加权.
本征向量会写入一个轨迹文件(-v). 如果叠合与协方差分析的原子相同, 会首先输出用于叠合的参考结构, 其t=-1. 平均(或参考, 若使用了-ref)结构的t=0, 本征向量会写入不同的帧, 以其本征向量序号为时间戳.
本征向量可使用gmx anaeig分析.
选项-ascii会将整个协方差矩阵写入一个ASCII文件. 元素的顺序为: x1x1, x1y1, x1z1, x1x2, …
选项-xpm会将整个协方差矩阵写入一个.xpm文件.
选项-xpma会将原子的协方差矩阵写入一个. xpm文件, 即, 写入每个原子对xx, yy和zz协方差的总和.
注意, 对角化一个矩阵所需的内存和时间至少会以原子数平方的速度增加, 因此很容易耗尽内存. 在这种情况下, 程序很可能会出现段错误并推出. 你应该仔细考虑数目更少的一组原子是否能满足你的需求, 这样计算成本更低.
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 结构+质量(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入, 可选 | 索引文件 |
-o [<.xvg>] | eigenval.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-v [<.trr/.cpt/...>] | eigenvec.trr | 输出 | 全精度轨迹: trr cpt trj tng |
-av [<.gro/.g96/...>] | average.pdb | 输出 | 结构文件: gro g96 pdb brk ent esp |
-l [<.log>] | covar.log | 输出 | 日志文件 |
-ascii [<.dat>] | covar.dat | 输出, 可选 | 通用数据文件 |
-xpm [<.xpm>] | covar.xpm | 输出, 可选 | X PixMap兼容矩阵文件 |
-xpma [<.xpm>] | covara.xpm | 输出, 可选 | X PixMap兼容矩阵文件 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice <int> | 19 | 设置优先级 |
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-tu <enum> | ps | 时间单位: fs, ps, ns, us, ms, s |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-[no]fit | yes | 叠合到参考结构 |
-[no]ref | no | 使用与结构文件中的构型的偏离, 而不是使用平均构型 |
-[no]mwa | no | 质量加权的协方差分析 |
-last <int> | -1 | 输出的最后一个本征向量的编号(-1会输出所有本征向量) |
-[no]pbc | yes | 对周期性边界条件进行校正 |
