gmx densorder [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [-or [<.out> [...]]] [-og [<.xpm> [...]]]
[-Spect [<.out> [...]]] [-nice ] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[no]w] [-[no]1d] [-bw ] [-bwn ]
[-order ] [-axis ] [-method ] [-d1 ]
[-d2 ] [-tblock ] [-nlevel ]
gmx densorder利用MD轨迹计算沿着某一方向的双相密度分布, 通过将界面密度拟合为函数的剖面, 可得到二维表面随时间的涨落. 利用-tavg选项可输出界面的时间平均的空间表示.
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 运行输入文件: tpr tpb tpa |
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹文件: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入 | 索引文件 |
-o [<.dat>] | Density4D.dat | 输出, 可选 | 通用数据文件 |
-or [<.out> [...]] | hello.out | 输出, 可选 | 通用输出文件 |
-og [<.xpm> [...]] | interface.xpm | 输出, 可选 | X PixMap兼容矩阵文件 |
-Spect [<.out> [...]] | intfspect.out | 输出, 可选 | 通用输出文件 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice <int> | 19 | 设置优先级 |
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-[no]w | no | 查看输出的.xvg, .xpm, .eps和.pdb文件 |
-[no]1d | no | 伪1D界面结构 |
-bw <real> | 0.2 | 平行于界面的密度分布的分格宽度 |
-bwn <real> | 0.05 | 垂直于界面的密度分布的分格宽度 |
-order <int> | 0 | 高斯滤波器的阶数, 0意味着不使用滤波 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-axis <string> | Z | 轴的方向: X, Y或Z |
-method <enum> | bisect | 定位界面的方法: bisect, functional |
-d1 <real> | 0 | 相1的体相密度(z值小时) |
-d2 <real> | 1000 | 相2的体相密度 (z值大时) |
-tblock <int> | 100 | 一次时间块平均所用的帧数 |
-nlevel <int> | 100 | 2D-XPixMaps中高度的水平数 |
