gmx dipoles [-en [<.edr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]] [-eps [<.xvg>]] [-a [<.xvg>]]
[-d [<.xvg>]] [-c [<.xvg>]] [-g [<.xvg>]] [-adip [<.xvg>]]
[-dip3d [<.xvg>]] [-cos [<.xvg>]] [-cmap [<.xpm>]]
[-slab [<.xvg>]] [-nice ] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[no]w] [-xvg ] [-mu ] [-mumax ]
[-epsilonRF ] [-skip ] [-temp ] [-corr ]
[-[no]pairs] [-[no]quad] [-ncos ] [-axis ]
[-sl ] [-gkratom ] [-gkratom2 ] [-rcmax ]
[-[no]phi] [-nlevels ] [-ndegrees ] [-acflen ]
[-[no]normalize] [-P ] [-fitfn ] [-beginfit ]
[-endfit ]
gmx dipoles用于计算模拟体系的总偶极及其涨落. 利用这些数据, 你可以计算其他一些性质, 如低介电介质的介电常数. 对于具有净电荷的分子, 会在分子质心处减去分子的净电荷.
而且, 如果使用了-corr选项, 程序会计算偶极的自相关函数, 输出文件的名字可通过-c选项来指定. 相关函数可以对所有分子进行平均, 独立地绘制每个分子(molsep)的分布, 或计算模拟盒子的总偶极矩(total).
选项-g可以给出依赖距离的Kirkwood G因子, 以及偶极夹角余弦平均值与距离的函数关系. 图中包括了gOO和hOO, 请参考Nymand & Linse, J. Chem. Phys. 112 (2000) pp 6386-6395. 在同一图中, 还包括了每一尺度的能量, 它是偶极矩内积与距离三次方的商.
示例: gmx dipoles -corr mol -P 1 -o dip_sqr -mu 2.273 -mumax 5.0
上面的命令将计算分子偶极矩的自相关函数, 计算时使用了偶极矩向量与其t时刻后的值之间的夹角的一阶Legendre多项式. 此计算将会使用1001帧. 更进一步, 可以计算-epsilonRF无穷大(默认), 温度300 K(默认), 分子平均偶极矩2.273(SPC)条件下的介电常数. 对分布函数, 其最大值被设定为5.0.
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-en [<.edr>] | ener.edr | 输入, 可选 | 能量文件 |
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 运行输入文件: tpr tpb tpa |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入, 可选 | 索引文件 |
-o [<.xvg>] | Mtot.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-eps [<.xvg>] | epsilon.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-a [<.xvg>] | aver.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-d [<.xvg>] | dipdist.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-c [<.xvg>] | dipcorr.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-g [<.xvg>] | gkr.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-adip [<.xvg>] | adip.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-dip3d [<.xvg>] | dip3d.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-cos [<.xvg>] | cosaver.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-cmap [<.xpm>] | cmap.xpm | 输出, 可选 | X PixMap兼容的矩阵文件 |
-slab [<.xvg>] | slab.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice <int> | 19 | 设置优先级 |
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-[no]w | no | 查看输出的.xvg, .xpm, .eps和.pdb文件 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-mu <real> | -1 | 单个分子的偶极矩(单位Debye) |
-mumax <real> | 5 | 以Debye为单位的最大偶极矩(用于直方图) |
-epsilonRF <real> | 0 | 模拟中使用的反应场的ε值, 用于计算介电常数. 注意: 0.0代表无穷大(默认) |
-skip <int> | 0 | 输出结果中跳过的步数(但计算中使用了所有步) |
-temp <real> | 300 | 模拟的平均温度(用于计算介电常数) |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-ndegrees <int> | 90 | 颜色映射图输出中Y轴的划分数(180度) |
-acflen <int> | -1 | ACF的长度, 默认值为帧数的一半 |
-[no]normalize | yes | 归一化ACF |
-P <enum> | 0 | ACF Legendre多项式的阶数(0表示不使用): 0, 1, 2, 3 |
-fitfn <enum> | none | 拟合函数: none, exp, aexp, exp_exp, vac, exp5, exp7, exp9, erffit |
-beginfit <real> | 0 | 对相关函数进行指数拟合的开始时间 |
-endfit <real> | -1 | 对相关函数进行指数拟合的终止时间, -1代表直到结束 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice <int> | 19 | 设置优先级 |
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-[no]w | no | 查看输出的.xvg, .xpm, .eps和.pdb文件 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-mu <real> | -1 | 单个分子的偶极矩(单位Debye) |
-mumax <real> | 5 | 以Debye为单位的最大偶极矩(用于直方图) |
-epsilonRF <real> | 0 | 模拟中使用的反应场的ε值, 用于计算介电常数. 注意: 0.0代表无穷大(默认) |
-skip <int> | 0 | 输出结果中跳过的步数(但计算中使用了所有步) |
-temp <real> | 300 | 模拟的平均温度(用于计算介电常数) |
