gmx dump [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-e [<.edr>]]
[-cp [<.cpt>]] [-p [<.top>]] [-mtx [<.mtx>]] [-om [<.mdp>]]
[-nice ] [-[no]nr] [-[no]sys]
gmx dump读取一个运行输入文件(.tpa/.tpr/.tpb), 轨迹文件(.trj/.trr/.xtc), 能量文件(.ene/.edr), 或检查点文件(.cpt), 而后将其以可读格式打印到标准输出. 在检查运行输入文件是否有误时, 此程序至关重要.
此程序也能预处理拓扑文件以此帮助发现问题. 注意, 目前定制包含文件搜索目录的唯一方法是设置GMXLIB.
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入, 可选 | 运行输入文件: tpr tpb tpa |
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入, 可选 | 轨迹文件: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-e [<.edr>] | ener.edr | 输入, 可选 | 能量文件 |
-cp [<.cpt>] | state.cpt | 输入, 可选 | 检查点文件 |
-p [<.top>] | topol.top | 输入, 可选 | 拓扑文件 |
-mtx [<.mtx>] | hessian.mtx | 输入, 可选 | 海森矩阵 |
-om [<.mdp>] | grompp.mdp | 输出, 可选 | 含有MD参数的grompp输入文件 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice <int> | 0 | 设置优先级 |
-[no]nr | yes | 在输出中显示索引编号(忽略这些更容易比较, 但创建的拓扑无用) |
-[no]sys | no | 列出整个体系的原子与键合相互作用, 而不是列出每个分子类型的. |
已知问题：
来自-sys -s的位置限制输出会中断.
