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gmx dyecoupl从轨迹中抽取染料动力学gmx dyecoupl [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-ot [<.xvg>]] [-oe [<.xvg>]] [-o [<.dat>]] [-rhist [<.xvg>]] [-khist [<.xvg>]] [-nice ] [-b ] [-e ] [-tu ] [-[no]w] [-xvg ] [-[no]pbcdist] [-[no]norm] [-bins ] [-R0 ] gmx dyecoupl用于从轨迹文件中抽取染料动力学. 目前, 可抽取染料分子间的R和kappa^2, 用于假定偶极耦合遵从Foerster方程的(F)RET模拟. 进一步, 程序也可计算R(t)和kappa^2(t), R和kappa^2^的直方图与平均, 以及指定Foerster半径R_0(-R0选项)的瞬时FRET效率E(t). 输入染料分子必须是完整的(参看gmx trjconv的res和mol pbc选项). 染料的转移偶极矩至少要使用一个原子对进行定义, 但也可使用索引文件提供的多个原子对. 距离R基于给定原子对的COM进行计算. -pbcdist选项指定计算到最近周期映象的距离, 而不是盒子内的距离, 但这仅适用于具有3维周期性边界的情况. -norm选项用于(面积)归一化直方图.
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