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gmx dyndom结构旋转的内插和外推gmx dyndom [-f [<.pdb>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-nice ] [-firstangle ] [-lastangle ] [-nframe ] [-maxangle ] [-trans ] [-head ] [-tail ] gmx dyndom读取DynDom程序(http://www.cmp.uea.ac.uk/dyndom/)输出的.pdb文件. 它会读取坐标, 旋转轴的坐标以及包含分区的索引文件. 而且, 它把矢量文件的第一个和最后一个原子当作命令行参数(头和尾), 最终得到平移矢量(DynDom的info文件给出)和旋转角度(也当作命令行参数). 如果给出了DynDom确定的角度, 你应该能够恢复用于生成DynDom输出文件的二级结构. 由于数值精度的限制, 需要通过计算所有原子的RMSD(gmx confrms)而不是文件对比(使用diff)来进行确认. 此程序的目的是对DynDom揭示的旋转进行内插和外推. 所以, 可能会产生含有过长或过短键的不现实结构, 或者原子会重叠在一起. 因此, 可能需要查看结构和并进行能量优化以验证结构.
2019版本已删除 |
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