gmx eneconv转换能量文件

gmx eneconv [-f [<.edr> [...]]] [-o [<.edr>]] [-nice ] [-b ]

[-e ] [-dt ] [-offset ] [-[no]settime]

[-[no]sort] [-[no]rmdh] [-scalefac ] [-[no]error]

当使用-f选项指定多个文件时:

按顺序将几个能量文件合并在一起. 当发现同一时刻存在两帧时, 会使用后一文件中的帧. 通过使用-settime, 你可以指定每一文件的起始时间. 输入文件由命令行得到, 你可能要使用像gmx eneconv -f *.edr -o fixed.edr这样的技巧.

当使用-f选项指定一个文件时:

读入一个能量文件, 并根据-dt, -offset, -t0和-settime选项输出到另一个文件, 需要时还会转换为不同的格式(有文件扩展名确定).

程序会首先应用-settime选项, 然后是-dt/-offset选项, -b和-e选项, 用以选择输出哪些帧.

已知问题

当组合轨迹时, 在新的输出文件中, 没有正确地更新sigma和E^2(用于统计), 只有实际能量项是正确的. 这样你需要使用其他方式来计算统计值, 如gmx analyze.

补充说明

GROMACS模拟有一个非常重要的能量输出文件, 即.edr文件. gmx eneconv就是对能量输出文件进行处理的程序.

一个模拟可以分多次进行, 于是得到很多.edr文件. 使用gmx eneconv的-f选项, 然后把这些能量文件罗列出来, 就可以对这些能量文件进行合并, 并输出一个完整的能量文件. 如果几个能量文件中有重复的时间帧, 那么后一个读入的能量文件将覆盖前一个. 也可以使用-settime选项对每一个输入文件的起始时间进行设置, 以免互相覆盖. 如下是一个示例:

eneconv -o fixed.edr -f *.edr

即对当前目录下所有.edr文件进行合并, 然后输出为fixed.edr文件.

当使用-f选项读入单独一个能量文件时, 可以配合其他参数对能量文件进行编辑.