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gmx energy将能量写入xvg文件并显示平均值gmx energy [-f [<.edr>]] [-f2 [<.edr>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-o [<.xvg>]] [-viol [<.xvg>]] [-pairs [<.xvg>]] [-ora [<.xvg>]] [-ort [<.xvg>]] [-oda [<.xvg>]] [-odr [<.xvg>]] [-odt [<.xvg>]] [-oten [<.xvg>]] [-corr [<.xvg>]] [-vis [<.xvg>]] [-ravg [<.xvg>]] [-odh [<.xvg>]] [-nice ] [-b ] [-e ] [-[no]w] [-xvg ] [-[no]fee] [-fetemp ] [-zero ] [-[no]sum] [-[no]dp] [-nbmin ] [-nbmax ] [-[no]mutot] [-skip ] [-[no]aver] [-nmol ] [-[no]fluct_props] [-[no]driftcorr] [-[no]fluc] [-[no]orinst] [-[no]ovec] [-acflen ] [-[no]normalize] [-P ] [-fitfn ] [-beginfit ] [-endfit ] gmx energy用于从能量文件中提取能量组分或距离限制数据. 程序会提示用户以交互方式选择所需的能量项. 程序会使用全精度计算模拟中能量的平均值, RMSD和漂移(参见手册). 漂移是通过使用最小二乘法将数据拟合为直线得到的. 报告的总漂移是拟合直线第一个点和最后一个点的差值. 平均值的误差估计是基于5个块的块平均得到的, 计算时使用了全精度的平均值. 利用-nbmin和-nbmax选项, 可以使用多个块长度进行误差估计. 注意, 在大多数情况下, 能量文件包含了对所有MD步骤的平均, 或进行平均的点比能量文件中的帧数多很多. 这使得gmx energy的统计输出比.xvg文件中的数据更准确. 当能量文件中不存在精确的平均值时, 上述统计数据只是简单地对每帧能量数据的平均. 涨落项给出了围绕最小二乘拟合线的RMSD. 你也需要通过-nmol来设定分子的数目. C_p/C_v的计算 不 包含任何量子效应校正. 如果需要考虑量子效应可以使用gmx dos程序. 当设置-viol选项时, 会绘制时间平均的背离数据, 并重新计算背离的实时时间平均值和瞬时累计值. 此外, 可以利用-pairs选项来绘制选定原子对之间的实时时间平均距离和瞬时距离. 选项-ora, -ort, -oda, -odr和-odt用于分析取向限制数据. 前两个选项绘制取向, 后三个选项绘制来自实验值的取向偏差. 以上选项中以a结尾的选项绘制时间平均随限制的变化. 以t结尾选项会提示用户限制标签号并绘制数据随时间的变化. 选项-odr绘制RMS偏差随限制的变化. 当使用时间或系综平均的取向限制运行时, 选项-orinst可以用来分析瞬时, 非系综平均的取向和偏差, 而不是时间和系综平均的值. 选项-oten用于绘制每个取向限制实验中分子序张量的特征值. 与选项-ovec同用时还可以绘制特征向量. 选项-odh用于从ener.edr文件中提取并绘制自由能数据(哈密顿差值和/或哈密顿导数dhdl). 使用-fee选项会计算体系与理想气体状态时的自由能差值
补充说明 gmx energy可提取.edr文件中的能量数据并将结果输出为.xvg文件, 一般来说, 命令为: gmx energy -f edr_file -o result.xvg 如果加上-b, -e选项, 可以从具体时间段提取结果而不是全部时间. 如果要编写bash脚本, 可以使用命令管道, 比如提取温度: echo "temperature" | gmx energy -f npt.edr -o temperature.xvg gmx energy的分析项目有以下这些方面 Select the terms you want from the following list by selecting either (part of) the name or the number or a combination. End your selection with an empty line or a zero. ------------------------------------------------------------------- 1 Angle 2 Proper-Dih. 3 Ryckaert-Bell. 4 LJ-14 5 Coulomb-14 6 LJ-(SR) 7 LJ-(LR) 8 Coulomb-(SR) 9 Coul.-recip. 10 Potential 11 Kinetic-En. 12 Total-Energy 13 Temperature 14 Pressure 15 Constr.-rmsd 16 Box-X 17 Box-Y 18 Box-Z 19 Volume 20 Density 21 pV 22 Enthalpy 23 Vir-XX 24 Vir-XY 25 Vir-XZ 26 Vir-YX 27 Vir-YY 28 Vir-YZ 29 Vir-ZX 30 Vir-ZY 31 Vir-ZZ 32 Pres-XX 33 Pres-XY 34 Pres-XZ 35 Pres-YX 36 Pres-YY 37 Pres-YZ 38 Pres-ZX 39 Pres-ZY 40 Pres-ZZ 41 #Surf*SurfTen 42 Mu-X 43 Mu-Y 44 Mu-Z 45 T-DRG 46 T-OIL 47 T-SOL 48 Lamb-DRG 49 Lamb-OIL 50 Lamb-SOL 常用的一些如下: Potential 体系势能 Total-Energy 体系总能量, 包括势能与动能, 动能项目为Kinetic-En Temperature 温度 Pressure 体系平均压强 Density 体系平均密度 Pres-XX X方向压强 Pres-YY Y方向压强 Pres-ZZ Z方向压强 #Surf*SurfTen 表面或界面张力 gmx energy用于得到体系的各个能量, 一般跑完MD之后, 使用gmx energy处理ener.edr只能得到体系的各个能量项. 但如果想求体系中两个不同部分在模拟过程中的相互作用能, 那就要使用一些小窍门. 以下是实现的一种方法: 根据原来的.tpr文件建立一个新.tpr, 在新的.tpr中, 使用索引文件明确定义感兴趣的组. 使用gmx mdrun的-rerun选项指定原来的轨迹文件再跑一次模拟, 这个过程很快. 如果还想更快, 可以使用gmx trjconv把水分子去掉. 这一个重复的模拟也产生轨迹文件, 重要的是, 还会产生一个新的ener.edr文件, 这个文件中包含了.tpr文件中定义的各个组能量及相互作用能(库伦相互作用能, 范德华相互作用能等). 使用gmx energy把各个能量项提出来 |
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