gmx filter轨迹频率滤波, 用于制作平滑的动画

gmx filter [-f [<.xtc/.trr/...>]]` [-s [<.tpr/.tpb/...>]]` [-n [<.ndx>]]

   [-ol [<.xtc/.trr/...>]]` [-oh [<.xtc/.trr/...>]]` [-nice ]

   [-b ]` [-e ]` [-dt ]` [-[no]w]` [-nf ]

   [-[no]all]` [-[no]nojump]` [-[no]fit]

gmx filter用于对轨迹进行频率滤波. 滤波器的形状为从-A到+A的cos(π t/A) + 1, 其中A为选项-nf与输入文件中时间步的乘积. 对低通滤波, 滤波器可将周期为A的涨落降低85%, 周期为2A的降低50%, 周期为3A的降低17%. 程序可输出低通和高通滤波后的轨迹.

选项-ol输出低通滤波后的轨迹, 每-nf输入帧输出一次. 滤波器长度与输出间隔的比值保证了可很好地抑制高频运动的混淆, 这非常有利于制作平滑的电影. 此外, 对与坐标有线性关系的性质, 其平均值会保持不变, 因为所有输入帧在输出中的权重都是相同的. 当需要所有帧时, 可使用-all选项.

选项-oh输出高通滤波后的轨迹. 高通滤波后的坐标会加到结构文件中的坐标上. 当使用高通滤波时, 请使用-fit选项或保证所用轨迹已经叠合到结构文件中的坐标.