gmx gangle计算角度

gmx gangle [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]

   [-oav [<.xvg>]] [-oall [<.xvg>]] [-oh [<.xvg>]] [-b ]

   [-e ] [-dt ] [-tu ] [-xvg ] [-[no]rmpbc]

   [-[no]pbc] [-sf ] [-selrpos ] [-g1 ]

   [-g2 ] [-binw ] [-group1 ]

   [-group2 ]

gmx gangle计算矢量之间不同类型的角度, 它支持由两个位置定义的矢量, 也支持由三个位置定义的平面的法线. 矢量还可以是z轴或球面的局部法线. 此外, 选项angle和dihedral可方便地用于计算由三/四个位置定义的键角和二面角.

角度类型通过-g1和-g2指定. 如果-g1为angle或dihedral, 就不应再指定-g2. 在这种情况下, -group1应指定一个或多个选择, 并且每个选择应包括位置的三联对或四联对, 它们定义了要计算的角度.

如果-g1为vector或plane, -group1指定的选择应包含位置对(vector)或位置三元对(plane). 对矢量, 位置设置了矢量的端点, 对平面, 三个位置用于计算平面的法向. 在这两种情况下, -g2指定要使用的其它矢量(见下文).

使用-g2 vector或-g2 plane时, -group2应指定另一组矢量. -group1和-group2应指定相同的选择数目. 对其中的一个选项也可以只有一个选择, 在这种情况下, 对其他组中的每个选择会使用相同的选择. 同样, 对-group1中的每个选择, 相应的-group2中的选择应指定相同数目的矢量或单独一个矢量. 在后一种情况下, 会计算这个单一矢量与其它选择中的每个矢量之间的角度.

使用-g2 sphnorm时, -group2中的每个选择应指定单一的位置, 它是球的中心. 第二个矢量从中心到由-group1指定的位置的中点.

使用-g2 z时, 不需要指定-group2, 会计算第一个矢量与Z轴正半轴之间的角度.

使用-g2 t0时, 不需要指定-group2, 会利用第一帧的矢量计算角度.

有三个输出选项: -oav会将每一帧的时间与平均角度写入一个xvg文件. -oall会输出单独的角度. -oh输出角度的直方图. 分格的宽度由-binw设置. 对-oav和-oh, 会计算-group1中每个选择的单独平均/直方图.