gmx genconf [-f [<.gro/.g96/...>]] [-o [<.gro/.g96/...>]]
[-trj [<.xtc/.trr/...>]] [-nice ] [-nbox ]
[-dist ] [-seed ] [-[no]rot] [-[no]shuffle]
[-[no]sort] [-block ] [-nmolat ] [-maxrot ]
[-[no]renumber]
gmx genconf程序对给定的坐标文件进行简单的堆叠, 就像小孩子玩积木一样. 该程序会根据用户定义的比例(-nbox)创建一个网格, 格点间的额外空间由-dist指定.
指定-rot选项时, 程序不会检查格点上分子之间的重叠. 建议输入文件中的盒子边长至少等于原子坐标与范德华半径之和.
如果给出了可选的轨迹文件, 不会产生构象, 但会从文件中读取构象, 经过适当平移后创建格点.
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-f [<.gro/.g96/...>] | conf.gro | 输入 | 结构文件: gro g96 pdb brk ent esp tpr tpb tpa |
-o [<.gro/.g96/...>] | out.gro | 输出 | 结构文件: gro g96 pdb brk ent esp |
-trj [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入, 可选 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice <int> | 0 | 设置优先级 |
-nbox <vector> | 1 1 1 | 盒子数目将分子像堆积木一样堆积起来, 一般按从小到大的顺序定义x y z方向上的分子数,否则会出现分子间距离较近的情况. 最后分子的个数为x*y*z |
-dist <vector> | 0 0 0 | 盒子间的距离 |
-seed <int> | 0 | 随机数发生器的种子, 如果为0, 根据当前时间产生. |
-[no]rot | no | 随机旋转构象 |
-[no]shuffle | no | 随机混洗分子 |
-[no]sort | no | 根据X方向坐标对分子排序 |
-block <int> | 1 | 根据此CPU数将盒子划分为块 |
-nmolat <int> | 3 | 每个分子的原子数, 假定从0开始. 如果设置错误, 体系可能完全不对. |
-maxrot <vector> | 180 180 180 | 最大的随机转动 |
-[no]renumber | yes | 重新编号残基 |
已知问题：程序应允许随机放置格点
