gmx genion在能量有利位置加入单原子离子

gmx genion [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.gro/.g96/...>]]

   [-p [<.top>]] [-nice ] [-np ] [-pname ]

   [-pq ] [-nn ] [-nname ] [-nq ]

   [-rmin ] [-seed ] [-conc ] [-[no]neutral]

gmx genion用单原子离子随机地取代溶剂分子. 溶剂分子组应该连续, 且所有分子的原子数应该相同. 用户应该将离子添加到拓扑文件中, 或使用-p选项自动修改拓扑文件.

在所有力场中, 离子的分子类型, 残基名称和原子名称都是大写的元素名称且不含符号. 分子名称应使用-pname或-nname给出, 并且拓扑文件的[ molecules ]段也要相应地更新, 可以手动更新或使用-p选项. 不要使用原子名称!

具有多个电荷态的离子会添加多重度, 不含符号, 只用于非常见态.

对更大的离子, 例如硫酸根, 我们建议使用gmx insert-molecules

已知问题

如果你指定了盐的浓度, 不会考虑已有的离子. 为此, 你需要指定要添加的盐的量.

补充说明

在给蛋白质添加了水环境之后, 一般要在水环境中添加离子, 使模拟体系更接近真实体系. 如果体系中的蛋白质本身已经带了静电荷, 那么就更要给体系加几个带相反电荷的离子, 使体系处于电中性.

几个常用选项的说明:

-np/-nn/-conc: 带正/负电离子的数目.

假如想要得到0.1 mol/L的离子浓度到底要加多少离子, 可以自己算一下, 也可以直接使用-conc指定离子浓度. 在使用-conc时, 建议配合使用-neutral, 以便使体系最后处于电中性.

-pn/-nn: 指定正负离子的名称, 比如NA+或者CL-.

可以参看GROMACS安装路径share/gromacs/top/下面的力场文件中离子使用的名称, 也可以使用新的离子, 但要在力场中定义, 或者把新离子的itp文件使用include添加到体系拓扑文件中.

-seed: 随机数种子.

如果发现添加的离子离蛋白太近(比如说小于0.1 nm), 那么可以指定新的种子.

使用范例

gmx genion -s topol.tpr -o system_ion.pdb -p system.top -np 100 -pname Na -nn 100 -nname Cl

添加100个Na+离子和100个Cl离子, 输出文件为system_ion.pdb文件.