gmx gyrate [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-acf [<.xvg>]] [-nice ] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-[no]w] [-xvg ] [-nmol ]
[-[no]q] [-[no]p] [-[no]moi] [-nz ] [-acflen ]
[-[no]normalize] [-P ] [-fitfn ] [-beginfit ]
[-endfit ]
gmx gyrate用于计算分子的回旋半径, 分子关于X, Y和Z轴的回旋半径, 并给出它们随时间的变化关系. 计算时会明确地使用原子的质量权重.
将分析组划分为大小相同的几部分后, 可使用-nmol选项可以计算多个分子的回旋半径.
使用-nz选项可计算沿Z轴方向X-Y切面内的2D回旋半径.
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 结构+质量(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入, 可选 | 索引文件 |
-o [<.xvg>] | gyrate.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-acf [<.xvg>] | moi-acf.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice <int> | 19 | 设置优先级 |
-b <time> | 0 | 从轨迹读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹读取最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-[no]w | no | 查看输出的.xvg, .xpm, .eps和.pdb文件 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-nmol <int> | 1 | 要分析的分子数目 |
-[no]q | no | 使用原子电荷的绝对值而不是质量作为权重因子 |
-[no]p | no | 计算关于主轴的回转半径 |
-[no]moi | no | 计算转动惯量(由主轴定义). |
-nz <int> | 0 | 计算2D回转半径时沿Z轴的切片数 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-acflen <int> | -1 | ACF的长度, 默认为帧数的一半. |
-[no]normalize | yes | 归一化ACF |
-P <enum> | 0 | ACF Legendre多项式的阶数(0表示不使用): 0, 1, 2, 3 |
-fitfn <enum> | none | 拟合函数: none, exp, aexp, exp_exp, vac, exp5, exp7, exp9, erffit |
-beginfit <real> | 0 | 对相关函数进行指数拟合的起始时间 |
-endfit <real> | -1 | 对相关函数进行指数拟合的终止时间, -1表示直到最终 |
补充说明
蛋白质的回旋半径反映了蛋白质分子的体积和形状. 同一体系的回旋半径越大, 说明体系越膨松.
