gmx hydorder [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]]
[-o [<.xpm> [...]]] [-or [<.out> [...]]] [-Spect [<.out> [...]]]
[-nice ] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[no]w]
[-d ] [-bw ] [-sgang1 ] [-sgang2 ]
[-tblock ] [-nlevel ]
gmx hydorder计算一个给定原子周围的四面体序参数, 可同时计算角和距离的序参数. 更多细节请参考 P.-L. Chau and A.J. Hardwick, Mol. Phys., 93, (1998), 511-518.
gmx hydorder计算盒子内3维网格中的序参数. 当盒子中存在两相时, 用户可以通过指定参数-sgang1和-sgang2来定义不同时刻分开两相的二维界面(明智地选择这些参数很重要).
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入 | 索引文件 |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 运行输入文件: tpr tpb tpa |
-o [<.xpm> [...]] | intf.xpm | 输出 | X PixMap兼容的矩阵文件 |
-or [<.out> [...]] | raw.out | 输出, 可选 | 通用输出文件 |
-Spect [<.out> [...]] | intfspect.out | 输出, 可选 | 通用输出文件 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice <int> | 19 | 设置优先级 |
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-[no]w | no | 查看输出.xvg, .xpm, .eps和.pdb文件 |
-d <enum> | z | 膜的法线方向: z, x, y |
-bw <real> | 1 | 盒子网格的分格宽度 |
-sgang1 <real> | 1 | 相1(体相)中的四面体角参数 |
-sgang2 <real> | 1 | 相2(体相)中的四面体角参数 |
-tblock <int> | 1 | 进行一次时间块平均所用的帧数 |
-nlevel <int> | 100 | 2D-XPixMaps中高度的水平数 |
