gmx lie [-f [<.edr>]] [-o [<.xvg>]] [-nice ] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[no]w] [-xvg ] [-Elj ] [-Eqq ]
[-Clj ] [-Cqq ] [-ligand ]
gmx lie基于对非键能的能量分析估算自由能. 程序需要包含Coul-(A-B), LJ-SR(A-B)等能量项的能量文件.
为正确使用g_lie, 需要进行两次模拟: 一次是目标分子与受体结合的模拟, 一次是目标分子在水中的模拟. 两者都需要利用energygrps以使Coul-SR(A-B), LJ-SR(A-B)等能量项写入.edr文件. 水中分子的模拟数据可提供-Elj和-Eqq的合适值.
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-f [<.edr>] | ener.edr | 输入 | 能量文件 |
-o [<.xvg>] | lie.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice | 19 | 设置优先级 |
-b | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-[no]w | no | 查看输出的.xvg, .xpm, .eps和.pdb文件 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-Elj <real> | 0 | 配体和溶剂之间的Lennard-Jones相互作用 |
-Eqq <real> | 0 | 配体和溶剂之间的库伦相互作用 |
-Clj <real> | 0.181 | LIE方程中能量Lennard-Jones分量的系数 |
-Cqq <real> | 0.5 | LIE方程中能量库伦分量的系数 |
-ligand <string> | none | 能量文件中配体的名称 |
