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gmx mk_angndx生成用于gmx angle的索引文件

gmx mk_angndx [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]] [-nice ]

  [-type ] [-[no]hyd] [-hq ]

gmx mk_angndx命令用于创建索引文件, 以计算角度分布等. 它需要使用一个运行输入文件(.tpx)来获得键角, 二面角等的信息.

输入/输出文件选项

选项

默认值

类型

说明

-s [<.tpr/.tpb/...>]

topol.tpr

输入

运行输入文件: tpr tpb tpa

-n [<.ndx>]

angle.ndx

输出

索引文件

控制选项

选项

默认值

说明

-nice <int>

0

设置优先级

-type <enum>

angle

角度类型: angle, dihedral, improper, ryckaert-bellemans

-[no]hyd

yes

包括质量<1.5的原子

-hq <real>

-1

忽略质量<1.5, 电荷大小小于此值的原子所涉及的角度


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