gmx nmeig对角化简正模式分析的Hessian矩阵

gmx nmeig [-f [<.mtx>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-of [<.xvg>]] [-ol [<.xvg>]]

  [-os [<.xvg>]] [-qc [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]] [-nice ]

  [-xvg ] [-[no]m] [-first ] [-last ]

  [-maxspec ] [-T ] [-[no]constr] [-width ]

gmx nmeig用于计算(Hessian)矩阵的特征向量/特征值, 矩阵可由gmx mdrun计算. 特征向量会被写入一个轨迹文件(-v), 其中的第一个结构对应t=0时的结构. 特征向量作为帧写入文件, 其序号作为时间戳. 特征向量可利用gmx anaeig进行分析. 使用gmx nmens可以根据特征向量生成结构的系综. 当使用质量加权时, 输出之前产生的特征向量会缩放为普通的直角坐标. 在这种情况下, 对标准的直角坐标形式, 它们将不再精确地正交, 但在质量加权时应该正交.

通过-qcorr选项提供一个额外的参数文件, 此程序也可用于计算热容和焓的量子校正. 详细情况可以参考GROMACS手册的第一章. 结果包括在给定温度下减去简谐自由度. 总的校正值会显示在终端上. 得到校正结果的推荐方式如下:

gmx nmeig -s topol.tpr -f nm.mtx -first 7 -last 10000 -T 300 -qc [-constr]

如果在模拟中 对所有共价键 使用了键约束, 应该使用-constr选项. 否则, 需要自己分析quant_corr.xvg文件.

为了更加灵活, 计算量子校正时, 程序也可以考虑虚拟位点. 当选择-constr和-qc选项时, 会自动设置-begin和-end选项. 再次, 如果你认为自己知道怎样做更好, 请检查输出文件eigenfreq.xvg.