gmx nmens [-v [<.trr/.cpt/...>]] [-e [<.xvg>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]]
[-n [<.ndx>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]] [-nice ] [-xvg ]
[-temp ] [-seed ] [-num ] [-first ]
[-last ]
gmx nmens用于生成一个平均结构周围的系综, 系综处于一组简正模式(特征向量)定义的子空间中. 特征向量被假定是质量加权的. 沿每个特征向量的位置随机地取自方差为kT/特征值的高斯分布.
默认情况下, 特征向量将从7开始, 因为前六个简正模式对应于平动和转动自由度.
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-v [<.trr/.cpt/...>] | eigenvec.trr | 输入 | 全精度轨迹: trr cpt trj tng |
-e [<.xvg>] | eigenval.xvg | 输入 | xvgr/xmgr文件 |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 结构+质量(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入, 可选 | 索引文件 |
-o [<.xtc/.trr/...>] | ensemble.xtc | 输出 | 轨迹: xtc trr trj gro g96 pdb tng |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice <int> | 19 | 设置优先级 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-temp <real> | 300 | 温度, 单位K |
-seed <int> | -1 | 随机数种子, -1表示根据时间和pid产生随机数 |
-num <int> | 100 | 要产生的结构数 |
-first <int> | 7 | 要使用的第一个特征向量(-1表示所选) |
-last <int> | -1 | 要使用的最后一个特征向量(-1表示直到最后) |
