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gmx nmtraj根据本征向量生成虚拟振荡轨迹gmx nmtraj [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]] [-o [<.xtc/.trr/...>]] [-nice ] [-eignr ] [-phases ] [-temp ] [-amplitude ] [-nframes ] gmx nmtraj根据特征向量产生虚拟的轨迹, 对应于围绕平均结构的简谐直角坐标振荡. 通常应使用质量加权的特征向量, 但你也可以使用非加权的特征向量来生成正交运动. 输出帧为一个覆盖整个周期的轨迹文件, 并且第一帧为平均结构. 如果你将轨迹输出(或转换)为PDB格式, 你可以直接在PyMol软件中观看, 还可以渲染生成逼真的动画. 假定能量均分到所有模式上, 运动振幅可以由特征值和预设温度计算. 为了在PyMol中清晰地显示运动, 你可以通过设定不现实的非常高的温度值来放大振幅. 然而, 要注意对大的振幅, 线性直角坐标位移与质量加权二者都可以导致严重的结构变形, 这只是直角简正模式模型的局限性. 默认选择的特征向量为7, 因为前六个简正模式对应于平动和转动自由度.
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