gmx potential [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]]
[-o [<.xvg>]] [-oc [<.xvg>]] [-of [<.xvg>]] [-nice ]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-[no]w] [-xvg ]
[-d ] [-sl ] [-cb ] [-ce ] [-tz ]
[-[no]spherical] [-ng ] [-[no]correct]
gmx potential用于计算盒子内的静电势. 计算方法是, 首先对每个切片内的电荷进行加和, 再对这个电荷分布积分二次. 计算时不考虑周期性边界条件. 电势参考点取为盒子左边的值. 程序也可以计算球坐标中以r为自变量的静电势, 这是通过计算球形切片的电荷分布并积分二次完成的. epsilon_r的值取为1, 但在许多情况下取2更加合适.
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹文件: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入 | 索引文件 |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 运行输入文件: tpr tpb tpa |
-o [<.xvg>] | potential.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-oc [<.xvg>] | charge.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-of [<.xvg>] | field.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-[no]w | no | 查看输出的.xvg, .xpm, .eps和.pdb文件 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-d <string> | Z | 将膜的法向取为X, Y或Z轴方向 |
-sl <int> | 10 | 计算电势与盒子长度的函数关系, 选项值即划分盒子的切片数. |
-cb <int> | 0 | 积分时忽略盒子的前指定值个切片 |
-ce <int> | 0 | 积分时忽略盒子的后指定值个切片 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-tz <real> | 0 | 沿盒子方向将所有坐标平移指定的距离 |
-[no]spherical | no | 计算球坐标的各项值 |
-ng <int> | 1 | 需要考虑的组的个数 |
-[no]correct | no | 假定组的净电荷为零以提高精确度 |
已知问题
积分时忽略一些切片并非必要.
