gmx protonate结构质子化

gmx protonate [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]

[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-nice ] [-b ] [-e ]

[-dt ]

gmx protonate读取构象并根据oplsaa.ff/aminoacids.hdb文件中的定义添加所有丢失氢原子. 如果仅仅指定-s选项, 那么构象将会被质子化, 如果也指定了-f选项, 那么程序会从文件中读取构象, 可以是单个构象或者轨迹.

如果提供了一个.pdb文件, 那么残基名称可能与GROMACS的命名规则不一致. 在这种情况下, 这些残基很可能不会被正确地质子化.

如果指定了索引文件, 请注意原子数目应当与质子化状态相对应.

输入/输出文件选项
选项	默认值	类型	说明
-s [<.tpr/.tpb/...>]	topol.tpr	输入	结构文件: tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent
-f [<.xtc/.trr/...>]	traj.xtc	输入, 可选	轨迹文件: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>]	index.ndx	输入, 可选	索引文件
-o [<.xtc/.trr/...>]	protonated.xtc	输出	轨迹文件: xtc trr trj gro g96 pdb tng

控制选项
选项	默认值	说明
-nice <int>	0	设置优先级
-b	0	从轨迹文件中读取的第一帧(ps)
-e	0	从轨迹文件中读取的最后一帧(ps)
-dt	0	只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔

已知问题

目前, -s选项仅接受.pdb文件.

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