gmx rdf计算径向分布函数

gmx rdf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]

[-o [<.xvg>]] [-cn [<.xvg>]] [-hq [<.xvg>]] [-nice ] [-b ]

[-e ] [-dt ] [-[no]w] [-xvg ] [-bin ]

[-[no]com] [-surf ] [-rdf ] [-[no]pbc] [-[no]norm]

[-[no]xy] [-cut ] [-ng ] [-fade ]

流体的结构可以通过中子散射或者X射线散射进行研究. 描述流体结构的最常用方法是径向分布函数. 但是, 通过散射实验获得径向分布函数并不容易.

gmx rdf可利用几种不同的方法来计算径向分布函数. 通常的方法是计算一个(组)粒子周围的径向分布函数, 其他方法包括计算一组粒子质心周围的径向分布函数(-com), 或到最近一组粒子的径向分布函数(-surf). 所有这些方法都可以利用-xy选项计算围绕与z轴平行的轴的RDF. 使用选项-surf时, 不能使用归一化.

选项-rdf用来设置要计算RDF的类型. 默认为原子或粒子, 但也可以选择分子或残基的质心或几何中心. 无论哪种情况, 都只会考虑索引组中的原子. 对于分子和/或质心选项, 需要输入文件. 除COM(质心)或COG(几何中心)外, 其他的加权方法目前只能通过提供具有不同质量的输入文件来实现. 参数-com与-surf也可以与-rdf选项一同使用.

如果已经提供了一个输入文件(-s), 并且-rdf设置为atom, 那么在计算RDF的时候, 会考虑到输入文件中定义的排除. 选项-cut是另外一种可以避免RDF图中出现分子内峰的方法, 但最好还是将输入文件中的排除数设置得高一些. 比如, 对于苯的拓扑, 将nrexcl设置为5就可以全部消除分子内距离对RDF的贡献. 注意, 在计算时会使用已选组中的所有原子, 还包括那些没有Lennard-Jones相互作用的原子.

选项-cn生成RDF累积数, 也就是在r距离范围内的平均粒子数.