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gmx rmsdist计算-2, -3或-6次平均的原子对距离gmx rmsdist [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]] [-equiv [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-rms [<.xpm>]] [-scl [<.xpm>]] [-mean [<.xpm>]] [-nmr3 [<.xpm>]] [-nmr6 [<.xpm>]] [-noe [<.dat>]] [-nice ] [-b ] [-e ] [-dt ] [-[no]w] [-xvg ] [-nlevels ] [-max ] [-[no]sumh] [-[no]pbc] gmx rmsdist用于计算原子距离的根均方偏差(RMSD, root mean square deviation). 该程序的优势在于计算时不需要叠合, 而gmx rms计算标准RMSD时则需要叠合. 参考结构取自结构文件, t时刻的RMSD定义为参考结构与t时刻结构原子对之间距离差值的RMS. gmx rmsdist也可用于生成RMS距离的矩阵, 使用平均距离标度的RMS距离矩阵, 平均距离矩阵, NMR平均距离矩阵(1/r^3和1/r^6平均). 最终, 程序可以生成一个原子对的列表, 其中包含所有1/r^3和1/r^6平均距离小于最大距离(-max指定, 默认为0.6)的原子对. 默认情况下, 平均是对等价氢原子(以*[123]命名的所有氢原子三联对)进行的. 此外, 还可以提供其他等价原子的列表(-equiv), 列表中每行包含一组等价原子, 使用残基序号, 残基名称, 原子名字指定, 如: HB* 3 SER HB1 3 SER HB2 残基名称和原子名称必须与结构文件中的精确匹配, 包括大小写. 程序没有规定如何指定非连续的原子.
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