gmx rotacf [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-nice ] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[no]w] [-xvg ] [-[no]d] [-[no]aver] [-acflen ]
[-[no]normalize] [-P ] [-fitfn ] [-beginfit ]
[-endfit ]
gmx rotacf用于计算分子的旋转相关函数. 必须在索引文件中给出原子三联对(i,j,k), 它们定义了ij和jk两个向量. 旋转ACF根据向量n = ij x jk, 即两个向量叉积的自相关函数计算得到. 由于三个原子可张成一个平面, 因此三个原子的顺序并不重要. 作为可选, 通过使用-d选项, 并在索引文件中指定原子对(i,j), 你可以计算线性分子的旋转相关函数.
示例:
gmx rotacf -P 1 -nparm 2 -fft -n index -o rotacf-x-P1 -fa expfit-x-P1 -beginfit 2.5 -endfit 20.0
上面的命令将利用索引文件中定义的向量间的夹角的一阶勒让德多项式计算旋转相关函数, 并根据2.5 ps到20.0 ps的数据, 将相关函数拟合为双参数指数形式.
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 运行输入文件: tpr tpb tpa |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入 | 索引文件 |
-o [<.xvg>] | rotacf.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice <int> | 0 | 设置优先级 |
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-[no]w | no | 查看输出的.xvg, .xpm, .eps和.pdb文件 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-[no]d | no | 计算相关函数时使用索引双联对(向量)而不是三联对(平面) |
-[no]aver | yes | 对所有分子进行平均 |
-acflen <int> | -1 | ACF的长度, 默认为帧数的一半. |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-[no]normalize | yes | 对ACF进行归一化 |
-P <enum> | 0 | 用于ACF的Legendre多项式的阶数(0代表不使用): 0, 1, 2, 3 |
-fitfn <enum> | none | 拟合函数: none, exp, aexp, exp_exp, vac, exp5, exp7, exp9, erffit |
-beginfit <real> | 0 | 相关函数指数拟合的起始时间 |
-endfit <real> | -1 | 相关函数指数拟合的终止时间, -1代表直到最后 |
