gmx saltbr [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-nice ]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-t ] [-[no]sep]
gmx saltbr用于计算带电组所有组合之间的距离随时间的变化, 这些组可以不同的方式进行组合. 可给出一个最小距离(也即截断距离), 计算时不会考虑距离从未小于此值的组.
程序会输出一些具有固定名称的文件: min-min.xvg, plus-min.xvg和plus-plus.xvg. 如果使用了-sep选项, 还会输出单个离子对的文件. 在这种情况下, 文件名格式为sb-(Resname)(Resnr)-(Atomnr). 这种文件的个数 非常多.
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-f [<.xtc/.trr/…>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-s [<.tpr/.tpb/…>] | topol.tpr | 输入 | 运行输入文件: tpr tpb tpa |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice <int> | 19 | 设置优先级 |
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-t <real> | 1000 | 不考虑从未小于此距离的组 |
-[no]step | no | 对每个相互作用使用独立的文件(可能会有很多). |
