gmx sans [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-d [<.dat>]] [-pr [<.xvg>]] [-sq [<.xvg>]] [-prframe [<.xvg>]]
[-sqframe [<.xvg>]] [-nice ] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-tu ] [-xvg ] [-mode ]
[-mcover ] [-[no]pbc] [-startq ] [-endq ]
[-qstep ] [-seed ]
gmx sans利用Debye公式计算SANS光谱(Small Angle Neutron Scattering, 小角度中子衍射). 目前, 使用时需要提供拓扑文件(因为需要指定每个原子的元素).
参数:
-pr: 计算轨迹平均的归一化g(r)函数 -prframe: 计算每帧的归一化g(r)函数
-sq: 计算轨迹平均的SANS强度曲线 -sqframe: 计算每帧的SANS强度曲线
-startq: 初始q值, 单位1/nm -endq: 终止q值, 单位1/nm
-qstep: q值的间距
注意: 当使用Debye直接方法时, 计算代价以1/2 * N * (N - 1)增长, 其中N为要研究的原子数目.
警告: 如果指定了sq或pr选项, 这个工具会产生大量的文件! 可达总帧数的两倍大!
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 运行输入文件: tpr tpb tpa |
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入, 可选 | 索引文件 |
-d [<.dat>] | nsfactor.dat | 输入, 可选 | 通用数据文件 |
-pr [<.xvg>] | pr.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-sq [<.xvg>] | sq.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-prframe [<.xvg>] | prframe.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-sqframe [<.xvg>] | sqframe.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 运行输入文件: tpr tpb tpa |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice <int> | 0 | 设置优先级 |
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-tu <enum> | ps | 时间单位: fs, ps, ns, us, ms, s |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-mode <enum> | direct | SANS谱的计算模式: direct, mc |
-mcover <real> | -1 | 蒙特卡洛覆盖, 应为-1(默认)或者(0, 1] |
-[no]pbc | yes | 计算距离时考虑周期性边界条件 |
-startq <real> | 0 | 初始q值(1/nm) |
-endq <real> | 2 | 终止q值(1/nm) |
-qstep <real> | 0.01 | q值递增值(1/nm) |
-seed <int> | 0 | Monte-Carlo的随机种子 |
