gmx saxs计算小角X射线散射谱

gmx saxs [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]

[-d [<.dat>]] [-sq [<.xvg>]] [-nice ] [-b ] [-e ]

[-dt ] [-xvg ] [-ng ] [-startq ]

[-endq ] [-energy ]

gmx saxs用于计算给定索引组的SAXS结构因子. 计算基于Cromer方法, 需要拓扑文件和轨迹文件.

输入/输出文件选项
选项	默认值	类型	说明
-f [<.xtc/.trr/...>]	traj.xtc	输入	轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.tpb/...>]	topol.tpr	输入	结构+质量(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>]	index.ndx	输入, 可选	索引文件
-d [<.dat>]	sfactor.dat	输入, 可选	通用数据文件
-sq [<.xvg>]	sq.xvg	输出	xvgr/xmgr文件

控制选项
选项	默认值	说明
-nice <int>	0	设置优先级
-b <time>	0	从轨迹读取第一帧的时间(ps)
-e <time>	0	轨迹读取最后一帧的时间(ps)
-dt <time>	0	只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔
-xvg <enum>	xmgrace	绘制的格式: none, xmgrace, xmgr
-ng <int>	1	计算SAXS时组的数目
-startq <real>	0	起始q值(1/nm)
-endq <real>	60	终止q值(1/nm)
-energy <real>	12	入射X射线的能量(keV)

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