gmx sigeps [-o [<.xvg>]] [-nice ] [-[no]w] [-xvg ] [-c6 ]
[-cn ] [-pow ] [-sig ] [-eps ] [-A ]
[-B ] [-C ] [-qi ] [-qj ] [-sigfac ]
gmx sigeps是一个简单的工具, 可以将C6/C12或C6/Cn组合转换成σ和ε, 或者反过来. 它也可以在文件中绘制出势能. 此外, 它还能把一个Buckingham势近似地转成一个Lennard-Jones势.
输入/输出文件选项 |
选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
-o [<.xvg>] | potje.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
控制选项 |
选项 | 默认值 | 说明 |
-nice <int> | 0 | 设置优先级 |
-[no]w | no | 查看.xvg, .xpm, .eps和.pdb输出文件 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-c6 <real> | 0.001 | C6 |
-cn <real> | 1e-06 | 排斥常数 |
-pow <int> | 12 | 排斥项的次数 |
-sig <real> | 0.3 | σ |
-eps <real> | 1 | ε |
-A <real> | 100000 | Buckingham势的A |
-B <real> | 32 | Buckingham势的B |
-C <real> | 0.001 | Buckingham势的C |
-qi <real> | 0 | 粒子i的电荷qi |
-sigfac <real> | 0.7 | 开始绘制时, σ前的因子 |
