gmx tune_pme计算mdrun的运行时间与PME进程数的关系以优化设置

选项

默认值

类型

说明

-p [<.out>]

perf.out

输出

通用输出文件

-err [<.log>]

bencherr.log

输出

日志文件

-so [<.tpr/.tpb/...>]

tuned.tpr

输出

运行输入文件: tpr tpb tpa

-s [<.tpr/.tpb/...>]

topol.tpr

输入

运行输入文件: tpr tpb tpa

-o [<.trr/.cpt/...>]

traj.trr

输出

全精度轨迹: trr cpt trj tng

-x [<.xtc/.tng>]

traj_comp.xtc

输出, 可选

压缩轨迹(tng格式或可移植的xdr格式)

-cpi [<.cpt>]

state.cpt

输入, 可选

检查点文件

-cpo [<.cpt>]

state.cpt

输出, 可选

检查点文件

-c [<.gro/.g96/...>]

confout.gro

输出

结构文件: gro g96 pdb brk ent esp

-e [<.edr>]

ener.edr

输出

能量文件

-g [<.log>]

md.log

输出

日志文件

-dhdl [<.xvg>]

dhdl.xvg

输出, 可选

xvgr/xmgr文件

-field [<.xvg>]

field.xvg

输出, 可选

xvgr/xmgr文件

-table [<.xvg>]

table.xvg

输入, 可选

xvgr/xmgr文件

选项

默认值

类型

说明

-tabletf [<.xvg>]

tabletf.xvg

输入, 可选

xvgr/xmgr文件

-tablep [<.xvg>]

tablep.xvg

输入, 可选

xvgr/xmgr文件

-tableb [<.xvg>]

table.xvg

输入, 可选

xvgr/xmgr文件

-rerun [<.xtc/.trr/...>]

rerun.xtc

输入, 可选

轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng

-tpi [<.xvg>]

tpi.xvg

输出, 可选

xvgr/xmgr文件

-tpid [<.xvg>]

tpidist.xvg

输出, 可选

xvgr/xmgr文件

-ei [<.edi>]

sam.edi

输入, 可选

ED采样输入

-eo [<.xvg>]

edsam.xvg

输出, 可选

xvgr/xmgr文件

-devout [<.xvg>]

deviatie.xvg

输出, 可选

xvgr/xmgr文件

-runav [<.xvg>]

runaver.xvg

输出, 可选

xvgr/xmgr文件

-px [<.xvg>]

pullx.xvg

输出, 可选

xvgr/xmgr文件

-pf [<.xvg>]

pullf.xvg

输出, 可选

xvgr/xmgr文件

-ro [<.xvg>]

rotation.xvg

输出, 可选

xvgr/xmgr文件

-ra [<.log>]

rotangles.log

输出, 可选

日志文件

选项

默认值

类型

说明

-rs [<.log>]

rotslabs.log

输出, 可选

日志文件

-rt [<.log>]

rottorque.log

输出, 可选

日志文件

-mtx [<.mtx>]

nm.mtx

输出, 可选

Hessian矩阵

-dn [<.ndx>]

dipole.ndx

输出, 可选

索引文件

-swap [<.xvg>]

swapions.xvg

输出, 可选

xvgr/xmgr文件

-bo [<.trr/.cpt/...>]

bench.trr

输出

全精度轨迹: trr cpt trj tng

-bx [<.xtc>]

bench.xtc

输出

压缩轨迹(可移植xdr格式): xtc

-bcpo [<.cpt>]

bench.cpt

输出

检查点文件

-bc [<.gro/.g96/...>]

bench.gro

输出

结构文件: gro g96 pdb brk ent esp

-be [<.edr>]

bench.edr

输出

能量文件

-bg [<.log>]

bench.log

输出

日志文件

-beo [<.xvg>]

benchedo.xvg

输出, 可选

xvgr/xmgr文件

-bdhdl [<.xvg>]

benchdhdl.xvg

输出, 可选

xvgr/xmgr文件

-bfield [<.xvg>]

benchfld.xvg

输出, 可选

xvgr/xmgr文件

选项

默认值

类型

说明

-btpi [<.xvg>]

benchtpi.xvg

输出, 可选

xvgr/xmgr文件

-btpid [<.xvg>]

benchtpid.xvg

输出, 可选

xvgr/xmgr文件

-bdevout [<.xvg>]

benchdev.xvg

输出, 可选

xvgr/xmgr文件

-brunav [<.xvg>]

benchrnav.xvg

输出, 可选

xvgr/xmgr文件

-bpx [<.xvg>]

benchpx.xvg

输出, 可选

xvgr/xmgr文件

-bpf [<.xvg>]

benchpf.xvg

输出, 可选

xvgr/xmgr文件

-bro [<.xvg>]

benchrot.xvg

输出, 可选

xvgr/xmgr文件

-bra [<.log>]

benchrota.log

输出, 可选

日志文件

-brs [<.log>]

benchrots.log

输出, 可选

日志文件

-brt [<.log>]

benchrott.log

输出, 可选

日志文件

-bmtx [<.mtx>]

benchn.mtx

输出, 可选

Hessian矩阵

-bdn [<.ndx>]

bench.ndx

输出, 可选

索引文件

-bswap [<.xvg>]

benchswp.xvg

输出, 可选

xvgr/xmgr文件

选项

默认值

说明

-nice <int>

0

设置优先级

-xvg <enum>

xmgrace

xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none

-np <int>

1

运行测试的进程数(对单独的PME进行, 必须大于2)

-npstring <enum>

-np

使用此字符串指定$MPIRUN的进程数: -np, -n, none

-ntmpi <int>

1

运行测试的MPI线程数(关闭MPI和mpirun)

-r <int>

2

每次测试的重复次数

-max <real>

0.5

要测试的PME进程数的最大比例

-min <real>

0.25

要测试的PME进程数的最小比例

-npme <enum>

auto

在-min和-max之间, 对-npme的所有可能值或其合理子集执行基准测试.auto会忽略-min和-max, 根据.tpr文件中npme推测一个值, 并由此选择一个合理的值. 可用选项: auto, all, subset

-fix <int>

-2

若此参数的值大于等于-1, 不改变PME进程的数目, 而是使用此固定值, 并只改变rcoulomb和PME格点间距.

-rmax <real>

0

若此参数的值大于0, 对-ntpr>1使用的最大rcoulomb(增大rcoulomb会导致傅立叶格点减小)

-rmin <real>

0

若此参数的值大于0, 对-ntpr>1使用的最小rcoulomb

选项

默认值

说明

-[no]scalevdw

yes

与rcoulomb一起, 缩放rvdw

-ntpr <int>

0

基准测试的.tpr文件的数目. 创建这么多文件, 每个文件使用的库仑缩放因子不同, 并取决于-rmin和-rmax参数.若此值<1, 会自动选择.tpr文件的数目进行测试.

-steps <int>

1000

在基准测试运行中, 对这么多步进行计时.

-resetstep <int>

100

开始计时前, 让dlb平衡这么多步(在这么多步之后重置循环计数器)

-nsteps <int>

-1

如果该参数值非负, 在实际模拟中执行这么多步(覆盖.tpr文件中的nsteps, 添加.cpt中的步数)

-[no]launch

no

优化后启动实际模拟

-[no]bench

yes

运行基准测试还是仅仅创建输入的.tpr文件

-[no]check

yes

基准测试运行前, 检查mdrun是否可以并行

-[no]append

yes

当从检查点继续运行时, 输出将追加到之前的输出文件中, 而不是将模拟的部分编号添加到所有文件名称中(仅与-launch同用)

-[no]cpnum

no

保留检查点文件并对其进行编号(仅与-launch同用)