gmx view在X-Windows终端显示轨迹

gmx view [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]

[-nice ] [-b ] [-e ] [-dt ]

gmx view是GROMACS的轨迹查看器. 该程序可以读取一个轨迹文件, 运行输入文件和索引文件, 并在标准的X Windows屏幕上绘制分子的三维结构图. 此程序不需要高级的图形工作站, 它甚至可以在单色屏幕下工作.

此程序已经实现了以下功能: 3D视图, 旋转, 平移和缩放分子, 标记原子, 轨迹动画, 以PostScript格式复制, 在MIT-X(real X)下用户可自定义原子过滤器, 打开窗口和主题, 用户友好的菜单, 去除周期性的选项, 显示计算盒子的选项.

可以使用一些更常见的X命令行选项: -bg, -fg更改颜色; -font fontname更改字体.

控制选项
选项	默认值	说明
-nice <int>	0	设置优先级
-b <time>	0	从轨迹文件中读取的第一帧(ps)
-e <time>	0	从轨迹文件中读取的最后一帧(ps)
-dt <time>	0	只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔

已知问题

Balls选项暂时不可用

有时候会吐核, 原因不明

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